La fondation de Villeneuve remonte  au XIème siècle .
En 1053, le seigneur Ozil de Morlhon, en pèlerinage à Jérusalem, fit don d'immenses propriétés, à condition que fussent crées, sur ces terres un monastère et une église ; cette dernière devait être construite sur les plans du St Sépulcre de Jérusalem.

L'église Saint-Pierre et Saint-Paul est qualifiée d'église en croix latine alors qu'elle n'a aucun transept et que sa singularité est justement d'être une nef unique avec des chapelles latérales ajoutées ultérieurement. Comme à Villefranche et à Najac, ce qui est justement commun aux églises de la mouvance du Comté de Toulouse, construites à partir du 13ème Siècle.

Raymond VII, comte de Toulouse, ajouta à la sauveté (aux ruelles étroites et tortueuses), une bastide aux rues perpendiculaires organisée autour d'une voie axiale et dotée d'une place entourée de couverts.

Les peintures murales de l'abside Nord de l'église St Pierre St Paul (datées du début du XIVème), présentent une riche iconographie pérégrine, notamment une représentation exceptionnelle de la célèbre légende du « pendu-dépendu ».

Villeneuve, véritable musée à ciel ouvert,  se trouve depuis le XIème siècle sur l'itinéraire  de liaison Ste Foy de Conques- St Sernin de Toulouse vers Compostelle ; elle compte plus de 55 maisons présentant un intérêt historique, du Moyen-Âge à la Renaissance.